אוניברסיטת קיוטו היא אוניברסיטת מחקר לאומית בולטת ברשת האוניברסיטאות הלאומיות היפניות, הנמצאת בעיר קיוטו ביפן. זוהי האוניברסיטה השנייה שנוסדה ביפן, ואשר הייתה בעבר אחת מן האוניברסיטאות הקיסריות. באוניברסיטה לומדים כ־22,000 סטודנטים בתוכניות לתואר ראשון ולתארים מתקדמים. האוניברסיטה חברה בקונסורציום RU11 ובאיגוד אוניברסיטאות המחקר במזרח אסיה (AEARU).